猫杯状病毒和猫鼻支主要有以下区别。 猫鼻支由猫传染性鼻气管炎或杯状病毒感染引起，鼻支通常在鼻部或支气管有炎症反应、感染，是猫呼吸道疾病的表现，而猫杯状病毒感染则引起猫鼻支。 幼龄猫容易因杯状病毒和疱疹病毒感染引起严重的呼吸道症状，如频繁打喷嚏、流鼻涕、眼鼻分泌物增加等。

可用患病动物眼结膜或扁桃体活组织进行荧光抗体染色，检测有无猫杯状病毒。 也可采集患病动物鼻腔分泌物、扁桃体、肺组织，经妥善处理后接种于猫肾细胞进行病毒分离和鉴定。 也可以使用猫杯状病毒的试验纸板进行检查。